El centro ecoturístico tiene en funcionamiento diferentes estrategia para el manejo de residuos.
En toda la extensión de las instalaciones, existen contenedores claramente marcados para separar y depositar la basura.
Esta basura es recolectada y llevada a un espacio dónde el personal la clasifica y la junta en paquetes para su eventual disposición por parte de las autoridades municipales.
Paralelamente, el centro ecoturístico cuenta con una composta para transformar residuos orgánicos y posteriormente usar la tierra para sus plantíos de caña de azúcar y bambú.
Estas acciones se vinculan con las prácticas amigables con la biodiversidad para el ecoturismo del proyecto Sistemas Sostenibles Productivos y Biodiversidad, específicamente con la práctica 8 Manejo integral de residuos