Siendo parte de la reserva de la biósfera la Encrucijada, Costa Verde detiene la importante tarea de porteger y salvaguardar todas las especies que se encuentran en su zona de delimitación. Esto incluye a las 4 especies de manglares presentes, el mangle rojo (Rhizophora mangle), el mangle negro (Avicennia germinans), el mangle blanco (Laguncularia racemosa) y el mangle botoncillo (Conocarpus erectus).
Cortar los mangles esta prohibido y Costa Verde mantiene un estricto control sobre su tala, solo permitiendo y supervisando podas pequeñas con el objetivo de dar mantenimiento a senderos de uso continuo.
Estas acciones se vinculan con las prácticas amigables con la biodiversidad para el ecoturismo del proyecto Sistemas Sostenibles Productivos y Biodiversidad, específicamente con la práctica 10 Diseñar y operar programas de restauración ecológica